Agenţia ONU pentru Refugiaţi (UNHCR) este prezentă în Republica Moldova începând cu februarie 1997, iar din 1998 cooperează cu CDA, care este unicul partener juridic al UNHCR în Republica Moldova.

între CDA și UNHCR prevede cooperare vizînd asistență legală pe parcursul procedurii de determinare a statutului de refugiat, procedurii de determinare a statutului de apatrid, procesului de integrare; monitorizarea în domeniul protecției, a punctelor de trecere a frontierei și a facilităților de detenție; suport oferit avocaților, judecătorilor, societății academice, factorilor de decizie politică și altor profesioniști.

Deja de peste 20 de ani Agenția ONU pentru Refugiați este și finanțatorul de bază al proiectelor realizate de CDA în domeniile azilului, migrației, apatridiei, și integrării străinilor.

În anul 2017, cu suportul financiar al Agenției ONU pentru refugiați (UNHCR), CDA a participat la elaborarea Standardelor de calitate și a Instrumentelor de monitorizare externă a calității asistenței juridice garantate de stat acordate de către avocat pe cauzele de azil, a Ghidului avocatului care acordă asistență juridică garantată de stat pe cauzele de azil și a Curriculumului de instruire continuă a avocaților care acordă asistență juridică garantată de stat pe cazurile de azil.

UNHCR susține financiar activitățile CDA și în perioada crizei refugiaților din Ucraina, cum sunt cele de monitorizare a respectării drepturilor refugiaților la punctele de trecere a frontierei, acordarea de consiliere și asistență juridică în centre de cazare a refugiaților, oferirea de asistență juridică primară și informare la liniile de consiliere telefonica, prin intermediul platformelor de comunicare on-line și prin distribuirea materialelor informative imprimate.